Leerlingen volgen op Pax Junior de eerste twee jaar van het voortgezet onderwijs en zij hebben les in de zogenoemde koersklassen. In koersklassen dagen we leerlingen uit om zoveel mogelijk hun eigen koers te bepalen. We bieden de koersklassen aan in de leerjaren 1 en 2 waarbij de leerlingen de vakken op verschillende niveaus volgen en daarmee ontdekken welk niveau passend is. Aan het einde van het tweede leerjaar kiest de leerling welk onderwijsniveau het best past en haalbaar is. We bereiden de leerlingen uiteraard goed voor op de overgang en start in de bovenbouw op Pax Coothstraat of Pax Klepperheide in Druten.

Op Pax Junior hebben we de volgende koersklassen:

- Koersklas vmbo-basis en vmbo-kader

- Koersklas vmbo-kader en vmbo-theorie

- Koersklas vmbo-theorie en havo

- Koersklas havo en vwo

De koersklassen vmbo-basis en vmbo-kader zijn huiskamerklassen. In dit klaslokaal krijgt de leerling de algemene vakken (zoals Engels, Nederlands en wiskunde) van één docent en hij/zij is ook de mentor. Dit zorgt voor rust en structuur en de leerling en de mentor bouwen hierdoor een goede band op. Doordat de mentor veel uren met de leerling samenwerkt, kan de mentor ook snel zien waar de leerling goed in is en waar de leerling wat meer hulp bij nodig heeft.

In de koersklassen vmbo-basis en kader en vmbo-kader en theorie bereiden we de leerlingen voor op de profielen in de bovenbouw.