De vier profielen in de bovenbouw op Pax Klepperheide zijn Natuur en techniek (NT), Natuur en gezondheid (NG), Economie en maatschappij (EM) en Cultuur en maatschappij (CM). Bij elk profiel zijn er verplicht profielvakken en heeft de leerling de keuze uit profielkeuzevakken.

Natuur en techniek

Het profiel Natuur en techniek wordt ook wel gezien als het Bèta-profiel. In dit profiel volgen de leerlingen de exacte vakken wiskunde B, natuurkunde en scheikunde. Met dit profiel ontwikkelt de leerling zijn/haar technische en analytische vaardigheden. Voor leerlingen die goed zijn in rekenen, het leuk vinden om problemen op te lossen en geïnteresseerd zijn in milieu, natuur en water is dit een geschikt profiel. Een vervolgstudie in de bouwkunde, elektrotechniek of milieukunde sluit goed aan bij dit profiel. Met dit profiel leggen leerlingen de basis voor beroepen als ingenieur, chemicus, IT-specialist, natuurkundige en milieudeskundige.

Natuur en gezondheid

Dit profiel richt zich op gezondheid, chemie, milieu, water, planten en dieren. In dit profiel volgen leerlingen de verplichte vakken biologie en scheikunde. In dit profiel leert de leerling over het ontstaan van o.a. organismen en hoe ze werken. De leerling ontwikkelt technische en analytische vaardigheden. Voor de leerling die geïnteresseerd is in gezondheid en milieu is dit een geschikt profiel. Een vervolgstudie in de voedingsmiddelentechnologie, biomedische wetenschappen of gezondheidswetenschappen sluit goed aan bij dit profiel. Met dit profiel leggen leerlingen de basis voor beroepen als levensmiddelentechnoloog, dierenarts of verpleegkundige.

Economie en maatschappij

Dit profiel richt zich onder andere op Marketing, Veiligheid, Commerciële Economie en Accountancy. Rekenen en onderzoeken zijn belangrijke kenmerken van dit profiel. Met dit profiel ontwikkelt de leerling zijn/haar rekenvaardigheden en analytische vaardigheden. De leerling volgt de vakken economie, wiskunde A en geschiedenis. Een vervolgstudie in de economie, bedrijfskunde of rechten sluit goed aan bij dit profiel. Met dit profiel bereiden ze zich voor op beroepen als jurist, beleidsmedewerker, commercieel medewerker of econoom.

Cultuur en maatschappij

Dit profiel wordt ook wel gezien als het Alfa-profiel en is geschikt voor leerlingen die het leuk vinden om creatief bezig te zijn en geïnteresseerd zijn in de geschiedenis en wereld om zich heen. Het profiel is gericht op talen, culturen, communicatie, onderwijs, filosofie en geschiedenis. In dit profiel volgen de havoleerlingen de verplichte vakken geschiedenis en een moderne vreemde taal. Op vwo krijgen de leerlingen geschiedenis met wiskunde C of wiskunde A of B. Voor het gymnasium hoort hier ook Grieks en/of Latijn bij. Een vervolgstudie in de media, kunst, communicatie of journalistiek sluit goed aan bij dit profiel.